Окремо варто відмітити, що існують так звані металошукачі амфібії - пристосування здатні працювати як на землі, так і під водою на глибині до 3-х метрів. Проте, для повномасштабного пошуку, на глибині більш ніж позначена, такі металошукачі не підходять.
Для цих цілей спеціально створені підводні металошукачі - прилади, які здатні витримати занурення на глибину десятків метрів, зберігаючи при цьому свої робочі характеристики. Особливістю деяких приладів такого типу металошукачів є здатність до пошуку металу навіть в солоній воді.
Підводні металодетектори представлені в двох видах:
Відмінностями підводних металошукачів є те, що вони оснащені герметичним корпусом блоку. Корпуси окремих моделей, що ущільнюють вузли, витримують занурення на глибину більше, ніж на 75 метрів, прилад добре переносить "температурний стрибок" при зануренні його у воду. Налаштування враховують перешкоди (для кожного типу води свої), що створюються прісною або солоною водою, і дозволяють їх ігнорувати.
Умовно-підводні прилади представлені гібридними приладами, що поєднують можливості грунтового і підводного металошукача. Вони мають екран і здатні вести пошук на будь-якому грунті з навушниками або без них. У режимі підводного пошуку на мілководді занурюється лише котушка і частина корпусу детектора-амфібії.
У багатьох приладах використана багаточастотна технологія (BBS), завдяки якій можливо вести пошуки, використовуючи одночасно до 20 частот і значно збільшити глибину сканування, при цьому, не втрачаючи чутливість до невеликих об'єктів. Так п'ятикопійкову монету СРСР можна виявити на глибині 23-25 см, а межа чутливості складає 1,5 метра.
Амфібії здатні виявляти цілі на глибині залягання до 120 см Їх можна встановлювати на точний пошук мети з дикриминацией до 20 позицій і значенням VDI. Детектори-амфібії оснащені високочастотною DD- котушкою. Додаткові опції - вбудована GPS- навігація і можливість підключення до комп'ютера для оновлення ПЗ.
Підводний металлодетектор визначає предмет, його склад і габарити. Налаштовується на солі (залежить від мінералізації), що містяться, наприклад, налаштуванням за рахунок котушки. Ефективні режими роботи - DISC (дискримінація) визначає різні типи металів і дозволяє відрізнити їх від сторонніх матеріалів, і режим PINPOINT, дозволяє точно встановити місцезнаходження шуканого предмета.
Для підводних металлодетекторов доступний пошук із зануренням у воду на десятки метрів. Такі прилади оснащені герметичним корпусом блоку управління і навушниками. Одним з найважливіших базових комплектуючих елементів детектора є високочастотна пошукова котушка, у поєднанні з якою прилад дає точніший результат визначення шуканого об'єкту.